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Die Staatlichen Bauämter erfüllen die Bauaufgaben von Universitäten inkl. Klinika sowie Hochschulen für angewandte Wissenschaften. Sie beraten die Bauherren in allen baulichen und baurechtlichen Fragen. Das Spektrum reicht dabei von der Projektentwicklung über die schlüsselfertige Erstellung von Gebäuden bis hin zum Bauunterhalt. Die Aufgaben umfassen gleichermaßen den Bau von Operationssälen oder Forschungslaboratorien wie auch die Errichtung von Kinderbetreuungseinrichtungen und Wohnheimen. Bei allen Bauaufgaben vertreten sie den Freistaat Bayern als Bauherren und nehmen Planungs-, Bauleitungs- und Projektmanagementaufgaben in derselben Weise wahr.

Die Regierungen sind für grundsätzliche Angelegenheiten des Hochschulbaus zuständig und Ansprechpartner der Staatlichen Bauämter. Bei den unterschiedlichsten Neu-, Um- und Erweiterungsbaumaßnahmen unterstützen sie die Staatlichen Bauämter planungs- und ausführungsbegleitend und wirken in besonderen Fällen bei der Vertragsgestaltung und -abwicklung mit. Den Regierungen obliegt die allgemeine Fachaufsicht über den Bereich Hochbau bzw. Hochschulbau der Staatlichen Bauämter im Regierungsbezirk.

Zentrale Angelegenheiten des Hochschulbaus werden vom Bayerischen Staatsministerium für Wohnen, Bau und Verkehr wahrgenommen.