Der Jahresabschluss und der konsolidierte Jahresabschluss bzw. die Jahresrechnung sowie die Jahresabschlüsse der Eigenbetriebe und der Krankenhäuser mit kaufmännischem Rechnungswesen werden vom Rechnungsprüfungsausschuss, der aus der Mitte des Kreistags gebildet wird, örtlich geprüft. Jeder Landkreis muss ein Rechnungsprüfungsamt einrichten. Aufgabe des Rechnungsprüfungsamtes ist es, den Rechnungsprüfungsausschuss bei der örtlichen Rechnungsprüfung als Sachverständiger zu unterstützen und zu beraten.
Weiterhin ist das Rechnungsprüfungsamt im Rahmen der örtlichen Kassenprüfung tätig, die dem Landrat obliegt. Hierbei wird die ordnungsgemäße Erledigung der Kassengeschäfte, die ordnungsgemäße Einrichtung der Kassen und das Zusammenwirken mit der Verwaltung geprüft.
Die überörtlichen Rechnungs- und Kassenprüfungen werden vom Bayerischen Kommunalen Prüfungsverband durchgeführt.
Dabei sind die Vollständigkeit und Ordnungsmäßigkeit in förmlicher, rechnerischer und sachlicher Hinsicht unter Einbeziehung der Buchführung, der Nachweise über das Vermögen sowie der Bestände und Vorräte zu prüfen. Aufgabe der überörtlichen Prüfung ist es auch, aus überörtlicher Sicht auf die Entwicklung der finanziellen Verhältnisse der geprüften Körperschaften und auf die Wirtschaftsführung ihrer Einrichtungen und wirtschaftlichen Unternehmen zusammenfassend einzugehen.
Die überörtliche Prüfung ist jedoch grundsätzlich keine vollständige Prüfung. Sie beschränkt sich in der Regel auf eine angemessene Zahl von Prüfungsgebieten und Stichproben.