Je nach Zuständigkeit prüfen das Staatsministerium für Unterricht und Kultus oder die Regierung gemäß Art. 102 Abs. 2 und 3 Bayerisches Gesetz über das Erziehungs- und Unterrichtswesen (BayEUG) die Anzeigen über die Errichtung von Ergänzungsschulen und bei nachträglichen wesentlichen Änderungen. Dabei ist die Errichtung einer Ergänzungsschule mindestens drei Monate vor Aufnahme des Unterrichts anzuzeigen. Der Anzeige sind der Lehrplan sowie Nachweise über den Schulträger, die Schuleinrichtungen und die Vorbildung des Leiters und der Lehrkräfte beizufügen. Nachträgliche wesentliche Änderungen sind unter Beigabe der Nachweise alsbald anzuzeigen.
Schulträger, Leiter, Lehrkräfte oder Einrichtungen der Ergänzungsschule müssen den Anforderungen entsprechen, die durch Gesetz oder aufgrund von Gesetzen vorgeschrieben oder die zum Schutz der Schülerinnen und Schüler an sie zu stellen sind. Errichtung und Betrieb einer Ergänzungsschule können von den Schulaufsichtsbehörden untersagt werden, wenn den vorgenannten Anforderungen nicht entsprochen wird und den Mängeln trotz Aufforderung der Schulaufsichtsbehörde innerhalb einer bestimmten Frist nicht abgeholfen worden ist. In entsprechender Anwendung des Art. 95 BayEUG kann die Schulaufsichtsbehörde Schulleiterinnen und Schulleitern, Lehrkräften und Erzieherinnen und Erziehern die Ausübung ihrer Tätigkeit untersagen, wenn sie ein Verhalten zeigen, das bei vertragsmäßig beschäftigten Schulleitern, Lehrkräften und Erzieherinnen und Erziehern an öffentlichen Schulen die Beendigung des Beschäftigungsverhältnisses rechtfertigen würde, oder wenn die Schule ohne die erforderliche Genehmigung betrieben wird.
Die Anzeige der Errichtung der Ergänzungsschule bzw. nachträglicher wesentlicher Änderungen kann über eine einheitliche Stelle nach den Vorschriften des BayVwVfG abgewickelt werden, die eine Mittlerfunktion zwischen dem Anzeigenden und der zuständigen Schulaufsichtsbehörde einnimmt. Wird das Verfahren über die einheitliche Stelle in Anspruch genommen, nimmt dieser entsprechend den Verfahrensregelungen in Art. 71a ff. BayVwVfG die Anzeige und die gesetzlich geforderten Nachweise, wie z. B. Lehrpläne und Nachweise über den Schulträger und die Einrichtung, entgegen und leitet sie unverzüglich an die zuständige Schulaufsichtsbehörde weiter. Mitteilungen der zuständigen Schulaufsichtsbehörde an den Anzeigepflichtigen werden für den Fall, dass der Anzeigepflichtige die einheitliche Stelle zur Abwicklung der Anzeigepflicht eingeschaltet hat, ebenfalls über diesen an den Anzeigepflichtigen weitergegeben. Eine Änderung der Zuständigkeiten der Schulaufsichtsbehörden ist damit nicht verbunden.