Zur Dokumentation der geowissenschaftlichen Landesaufnahme in Bayern werden seit langem umfangreiche Belegsammlungen geführt.
Im Zentrum des Interesses steht die Sammlung des Geologischen Dienstes ("Geowissenschaftliche Sammlung"), die derzeit insgesamt rund 120.000 Objekte enthält, die in einer Datenbank erfasst werden. Die Sammlung besteht aus mehreren Teilen: u. a. einer Belegsammlung zur geologischen Landesaufnahme in Bayern, einer Lagerstättensammlung, einer Sammlung bayerischer Naturwerksteine sowie aus paläontologischen, petrographischen und mineralogischen Sammlungen.
Besonders erwähnenswert sind die mineralogische Sammlung des ersten bayerischen Geowissenschaftlers, Mathias von Flurl (1756-1823), die aus der 2. Hälfte des 19. Jahrhunderts stammende Belegsammlung der geognostischen Untersuchung des Königreichs Bayern (Gümbel-Sammlung) sowie eine aus neuerer Zeit stammende, umfangreiche Kollektion einheimischer Fossilien (Hölzl-Sammlung).
Rund 18.000 Gesteinsdünnschliffe werden in einer separaten Sammlung verwahrt. In zwei Bohrprobenarchiven im Bohrkern- und Rohstoff-Analytikzentrum in Hof a. d. Saale und an der Kontinentalen Tiefbohrung (KTB) in Windischeschenbach/Oberpfalz wird Material aus wichtigen Tiefbohrungen in Bayern, u. a. der KTB selbst, für detaillierte Untersuchungen des Untergrundes und zur Dokumentation von Forschungsergebnissen vorgehalten.
Im Bohrkernarchiv in Hof sind aktuell ca. 80 km Bohrkernstrecke, 25.000 Spülproben sowie 250 Paletten mit Bodenproben eingelagert. Die Bohrungen sind im "UmweltAtlas Bayern" (siehe "Weiterführende Links") für jedermann online recherchierbar. Daneben beherbergt dieses Archiv eine Belegsammlung von Proben aus Bergrechtsverfahren und bodenkundlichen Projekten zum Zweck der Beweissicherung sowie eine Naturwerkstein-Sammlung zur Dokumentation ehemaliger bzw. noch aktiver Gewinnungsstellen. Von zunehmendem Interesse ist auch die Bodenprobenbank mit nahezu 65.000 Proben zur Dokumentation des Ist-Zustandes der Böden in Bayern.